Canadian Journal of Statistics

Multivariate association test for rare variants controlling for cryptic and family relatedness

Journal Article

Résumé Des mesures de multiples phénotypes reliés sont souvent collectées dans le cadre d'études génétiques de maladies complexes. L'analyse conjointe de ces phénotypes pourrait améliorer la puissance pour détecter des ensembles de variantes rares qui affectent ces traits. Les auteurs s'intéressent aux tests d'association entre un ensemble de variantes rares et multiples phénotypes en présence de données familiales. Ils utilisent un modèle linéaire mixte pour exprimer les corrélations entre les phénotypes et entre les individus apparentés. Étant donné les différentes sources de corrélation dans cette situation, l'obtention d'une statistique de test n'est pas une tâche triviale. Les auteurs dérivent un vecteur de statistiques de test de type score et approximent sa distribution conjointe en utilisant des copules. Ceci leur permet d'obtenir des expressions explicites pour les seuils observés (valeurs‐p) de plusieurs statistiques de tests. À l'aide d'une large étude de simulation et d'une application aux données de l'atelier d'analyse génétique GAW18, ils illustrent les gains de tests conjoints par rapport aux tests univariés, surtout en présence de pléiotropie ou de phénotypes fortement corrélés. La revue canadienne de statistique 47: 90–107; 2019 © 2018 Société statistique du Canada

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